Từ cuối năm 2005 đến nay, Tập đoàn Vinashin đã huy động khoản vay cả dài hạn, ngắn hạn tính tới 30/6 là trên 70.000 tỷ đồng. Tuy nhiên, khoản vốn này đã được Tập đoàn sử dụng tùy tiện, vi phạm các qui định pháp luật để lại hậu quả nghiêm trọng. Hệ lụy là Tập đoàn đã không tăng cường kịp thời năng lực đóng tàu theo đúng chủ trương của Chính phủ. Điều này đã lý giải cho hiện trạng từ cuối năm 2007, Vinashin rơi vào tình trạng không đủ năng lực cơ sở vật chất kỹ thuật, trình độ tay nghề, quản lý và tiềm lực tài chính để thực hiện các hợp đồng đã ký.

Nhiều hợp đồng bị hủy mà không phải do khủng hoảng xảy ra. Nhiều khách hàng đã nhân nhượng, chia sẻ với Tập đoàn này bằng việc cho chấp thuận gia hạn hợp đồng giao hàng, song Vinashin lại là người vi phạm giao kết hợp đồng với khách hàng trong và ngòai nước, dẫn tới phải hủy quá nhiều hợp đồng đóng tàu. Kèm theo đó, Tập đoàn này buộc phải chấp nhận trả lãi tiền đặc cọc và bị phạt vi phạm hợp đồng, thiệt hại hơn 1.000 tỷ đồng.

Tập đoàn đã không cân đối được dòng tiền trả nợ vay trong ngắn hạn và dài hạn, mất khả năng thanh toán nợ đến hạn. Sự yếu kém đó đã ảnh hưởng lớn tới hoạt động của nhiều ngân hàng, tổ chức tín dụng trong nước và ảnh hưởng tới cả tín nhiệm của Chính phủ trên thị trường quốc tế.

Tuy nhiên, số lỗ của Vinashin trong năm 2009 là năm xảy ra khủng hoảng, Thanh tra Chính phủ đưa ra con số lớn hơn nhiều so với kết quả kiểm toán

Theo đó, kiểm toán báo cáo tài chính năm 2009 chỉ xác định số lỗ là 1.682,5 tỷ đồng nhưng cơ quan thanh tra cho rằng, thực chất là 4.985,16 tỷ đồng, tăng thêm 3.302,66 tỷ đồng.

Trong đó, lỗ 848 tỷ đồng do yếu tố chi phí như: chi phí chưa phân bổ hết đối với những hợp đồng đã đóng tàu hoàn thành, bàn giao cho chủ tàu là 114 tỷ đồng. Chi phí phải trả cho các công ty quản lý tàu chưa ghi nhậ là 57 tỷ đồng, chi phí khấu hao, tài sản cố định mà Tập đoàn chưa trích là 527 tỷ đồng, các khoản chi phí trả trước dài hạn chưa phân bổ là 151 tỷ đồng.

Tuy vậy, khoản lỗ lớn tăng thêm chủ yếu do khoản chênh lệch tỷ giá phát sinh từ việc đánh giá lại tài sản và nợ phả trả dài hạn bằng tiền là 2.455 tỷ đồng.

Bên cạnh đó, cơ quan thanh tra cũng cảnh báo, có những khoản chưa ghi nhận là lỗ nhưng giờ phải đặc biệt lưu ý vì khả năng trở thành lỗ là tiềm tàng, hiện thực. Đó là khoản 2/787 tỷ đồng chi phí sản xuất kinh doanh dở dang của những hơp đồng đã bị hủy, chênh lệch các khỏan phải thu nội bộ nhưng không xác định được đối tượng phải thu là 4.688 tỷ đồng và khoản 1.035 tỷ đồng bị phạt hợp đồng.

Thanh tra Chính phủ xác định, đến thời điểm 31/12/2009, Vinashin đã không bảo toàn vốn được giao, làm thâm hụt mất gần 5000 tỷ đồng vốn điều lệ Nhà nước cấp.

Gần 5 năm qua, công ty mẹ của Tập đoàn vẫn hoạt động theo Điều lệ “cũ”, theo Quy chế tài chính “cũ” của thời kỳ trước khi lên tập đoàn năm 2006 trở về trước. Đồng thời, đơn vị cũng không thực hiện việc đề xuất, bổ nhiệm, hoặc thuê Tổng giám đốc mà để chủ tịch HĐQT kiêm chức Tổng giám đốc kéo dài trong nhiều năm.

Chỉ trong một thời gian ngắn, nhất là năm 2007, Vinashin đã thành lập, sáp nhập thêm quá nhiều công ty con, số lượng tăng thêm trên 200 doanh nghiệp, song, nhiều đơn vị con này lại ra đời không phải do nhu cầu tăng cường năng lực ngành chính là đóng tàu. Có nhiều trường hợp ở các công ty con đã có vi phạm nghiêm trọng về qui định tổ chức nhân sự, quản lý vốn, tài sản.

Hầu hết các qui định quản lý trong Tập đoàn đều ở tình trạng buông lỏng như Điều lệ tổ chức hoạt động, quy chế quản lý tài chính, tổng giám đốc điều hành, quy chế, quy trình trong quản lý cán bộ, tiền, tài sản.

Phân tích về các nguyên nhân, cơ quan thanh tra nhấn mạnh lãnh đạo Tập đoàn, trước hết là HĐQT và người đứng đầu đã có khuyết điểm sai phạm trong tổ chức, quản lý điều hành Tập đoàn. Trình độ cán bộ lãnh đạo không đáp ứng yêu cầu quản trị của một Tập đoàn kinh tế lớn. Đặc biệt, người đứng đầu và một số cá nhân hạn chế về năng lực, thiếu trách nhiệm, tùy tiện, báo cáo không trung thực, cố ý làm trái vi phạm pháp luật.

Về trách nhiệm, Thanh tra Chính phủ cho rằng ông Phạm Thanh Bình và các thành viên HĐQT tập đoàn giai đoạn 2006- 30/6/2010 phải chịu trách nhiệm về các vấn đề yếu kém trên. Theo đó, ngoài ông Bình, các thành viên HĐQT phải chịu trách nhiệm về sự đổ vỡ của Tập đòan là: Ông Ngô Thế Việt, Chu Thế Hưng, Hồ Ngọc Tùng, Nguyễn Đức Thận, Trần Văn Liêm, Đỗ Thành Hưng, Lưu Quyết Thắng, Trần Quang Vũ.

Trong đó, ông Vũ phải chịu trách nhiệm cá nhân về việc thanh lý tàu Bạch Đằng Giang và những sai phạm dẫn tới thua lỗ lớn ở Tổng công ty Nam Triệu. Ông Tùng là Tổng giám đốc Tài chính Tập đoàn, Trưởng ban Kiểm soát.

Ngoài ra, các cá nhân khác là Tổng giám đốc kinh doanh Nguyễn Quốc Ánh, Tổng giám đốc đầu tư Lê Lộc, Kế toán trưởng, Trưởng ban tài chính kế toàn Đỗ Văn Phệch, các trưởng ban Kế hoạch đầu tư qua các thời kỳ là Nguyễn Hữu Ngọc và Lê Anh Tuấn, trưởng ban kinh doanh đối ngoại là Phạm Thu Hằng.

Cũng theo kết luận của Thanh tra, ông Phạm Thanh Bình còn phải chịu trách nhiệm cụ thể với các sai phạm như thực hiện dự án mua tàu Hoa Sen, xây dựng nhà máy nhiệt điện sông Hồng, sử dụng nguồn vay lại trái phiếu quốc tế của Chính phủ mua lại nợ từ ngân hàng BIDV, trong đó nhiều khoản là nợ xấu. Ngoài ra còn có những sai phạm trong việc chuyển nhượng cổ phần Ngân hàng Nhà Hà Nội, việc đầu tư mua cổ phần của Công ty CP đầu tư và vận tải dầu khí Vinashin, mua cổ phần của Tập đoàn Bảo Việt, tiếp quản Công ty Vật tư tổng hợp Yên Bái, quyết định cử ông Nguyễn Tuấn Dương làm chủ tịch HĐQT công ty Cửu Long do vợ ông Dương tham gia sáng lập, đầu tư dự án nhà máy đóng tàu Dung Quất giai đoạn 1. Ông Dương nguyên là chủ tịch kiêm TGĐ cty thép Cái Lân.

Ngoài ra, nhiều cá nhân ở các công ty con của Vinashin cũng phải chịu trách nhiệm cụ thể ở từng vụ việc.  Theo Thanh tra Chính phủ xác định, liên quan công ty CP CNTT Hòang Anh lâm vào tình trạng mất vốn và khả năng thanh toán hiện nay là trách nhiệm của ông Ngô Tùng Lâm, nguyên chủ tịch HĐQT Tcty và ông Lưu Văn Hợp, Trưởng ban kiểm soát Tập đoàn Vinashin.

Trong đó, trực tiếp nguyên TGĐ Nguyễn Văn Tuyên đã cố ý làm trái qui định về việc góp vốn thành lập do bản thân ông Tuyên và các anh em ruột thành lập. Tiêu biểu nhất là việc phê duyệt 4 dự án có chi phí đã đầu tư là 87,31 tỷ đồng với các sai phạm như chia nhỏ các dự án nhóm A để trình Tập đòan và tự duyệt, tự ký ký hợp đồng tổng thầu mà không đấu thấu… Các “nhân vật” chủ chốt của Cty Viễn dương Vinashin cũng bị nêu tên như bà Trịnh Thị Hậu, Hoàng Gia Hiệp đối với công ty Biển Đông, ông Vũ Xuân Bão đối với công ty Bạch Đằng.

Thanh tra kiến nghị Tập đoàn Vinashin phối hợp với Tập đoàn Dầu khí và Tổng công ty hàng hải thu hòi 615 tỷ đồng chi sai cho các công ty thành viên, giảm trừ 138 tỷ đồng khi nghiệm thu quyết toán một số dự án, giảm dự toán một số gói thầu ở các Tổng công ty Phà Rừng, Hạ Long, Cam Ranh- Nha Trang và Bạch Đằng.

Sau kết quả thanh tra, cơ quan này đã chuyển hồ sơ 7 vụ việc sang Bộ Công an tiếp tục điều tra xử lý.

Đến nay, Vinashin đang trong quá trình tái cơ cấu theo quyết định của Thủ tướng. Trong các kiến nghị của cơ quan thanh tra, ngoài việc rà soát, chấn chính vấn đề tài chính, tổ chức đáng chú ý nhất là đề xuất tới Chính phủ cần có tổng kết thí điểm việc thành lập cái Tập đoàn kinh tế Nhà nước qua sự việc của Vinashin. Trong đó, những vấn đề cần được đút rút là việc giao quyền tự chủ cho HĐQT Tập đoàn lớn nhưng chưa có cơ chế kiểm soát tương ứng, công ty mẹ cấp tín dụng nhưng không có cơ cấu tổ chức của tổ chức tín dụng, các hoạt động quản lý, ủy thác vay vốn giữa công ty mẹ và công ty tài chính trong Tập đoàn, việc thành lập các công ty cấp 3, cấp 4 của tập đoàn.